Quận Benton được thành lập từ Quận Polk qua một đạo luật của Chính quyền Lâm thời Oregon năm 1847. Quận được thành lập trong một khu vực ban đầu là nơi sinh sống của người Klickitat. Họ thuê mướn khu này từ người Kalapuya để dùng làm nơi săn bắt thú rừng. Tất cả tuyên bố chủ quyền của người bản thổ châu Mỹ trong Quận Benton được chuyển nhượng trong Hiệp ước Dayton năm 1855.

Trong thời gian đó, các ranh giới bắt đầu ở nơi giao điểm của Quận Polk và Sông Willamette kéo dài về phía nam đến tận biên giới California và hướng về phía tây đến Thái Bình Dương. Sau đó, nhiều phần của Quận Benton bị lấy để thành lập các quận Coos, Curry, Douglas, Jackson, Josephine, Lane và Lincoln.

Thành phố Marysville, sau đó đổi tên thành Corvallis, được dùng làm quận lỵ năm 1851. Năm 1862 Corvallis trở thành nơi của Cao đẳng Nông nghiệp Tiểu bang Oregon, ngày là Đại học Tiểu bang Oregon (đừng nhầm lẫn Đại học Oregon ở Eugene).